SNPS PARA IDENTIFICAÇÃO DE ESPÉCIES E HÍBRIDOS DE EUCALIPTO E RNA-SEQ PARA IDENTIFICAR GENES ASSOCIADOS AO DISTÚRBIO FISIOLÓGICO DO EUCALIPTO
Eucalyptus; Híbridos; Taxonomia; Genotipagem; Expressão gênica.
Eucalyptus spp. é um gênero arbóreo economicamente importante com cerca de 700 espécies. Características favoráveis como o rápido crescimento, adaptabilidade a diferentes ecossistemas, grande diversidade genética dentro e entre espécies, boa densidade da madeira e alto rendimento na fabricação de papel e celulose tornam o eucalipto importante na silvicultura. Empresas de produtos florestais e centros de pesquisa buscam por novas tecnologias para auxiliar no melhoramento genético do eucalipto frente aos novos desafios. A aplicação da genômica na eucaliptocultura possui como principal objetivo auxiliar o melhoramento genético, diminuindo o tempo dos ciclos de seleção. Todavia, a genômica pode também ser utilizada como ferramenta no estudo de desafios ainda não solucionados. Neste documento são pontuados dois desafios da eucaliptocultura e a utilização de técnicas genômicas como ferramenta para ajudar o melhoramento do gênero. O primeiro artigo desta tese traz a identificação de espécies e híbridos interespecíficos de eucalipto com base na utilização de marcadores SNP (polimorfismo de um único nucleotídeo) com ampla cobertura do genoma. O segundo artigo traz uma abordagem de RNA-seq para identificar genes e rotas metabólicas associadas ao distúrbio fisiológico do eucalipto, na tentativa de iluminar o possível agente etiológico da doença que ainda é desconhecido. No primeiro estudo os marcadores SNPs foram capazes de identificar a maior parte das espécies e seus híbridos interespecíficos de acordo com as principais classificações filogenéticas do gênero, além de comparar a identificação genômica com o pedigree anotado por melhoristas. Como o gênero Eucalyptus possui várias espécies (>600) e classificação taxonômica complexa, este estudo oferece uma alternativa molecular para os melhoristas identificarem de forma objetiva e precisa a composição genômica de seus híbridos. Nosso estudo mostra que a composição genômica dos genitores pode ser diferente daquela esperada pelas anotações do seu pedigree. No segundo estudo, a comparação da expressão gênica entre clones suscetíveis e resistentes mostrou que o distúrbio fisiológico afeta diversas rotas metabólicas, sendo, portanto, uma doença complexa a nível molecular. Rotas de sinalização de estresses e genes relacionados a produção de energia e fermentação foram diferencialmente expressos entre clones suscetíveis e resistentes. Terpenóides e outras vias também foram identificadas como importantes para a resistência ou suscetibilidade de clones à PDE. Desta forma, ambos os estudos apresentam a utilização de diferentes técnicas genômicas e geração de amplos bancos de dados para ajudar em dois problemas importantes para o melhoramento da eucaliptocultura: identificação de espécies e híbridos, e de genes envolvidos na resposta de clones resistentes ao distúrbio fisiológico do Eucalyptus.