Caracterização do gene bZIP em tomateiro: Deleção de uma uORF conservada e análise in silico de correlações do gene SlbZIP1
CRISPR/Cas9; fator de transcrição; Solanum lycopersicum
O tomate cultivado, Solanum lycopersicum, pertence à família Solanácea, que possui muitas espécies de importância econômica. Devido a caracterização da espécie, o tomateiro além de produto comercial, também tem sido utilizado como planta modelo para o desenvolvimento de pesquisas de investigação dos fenômenos vegetais, fisiológicos e metabólicos. Em virtude do consumo do tomate, para atender a demanda de produtividade, de resistência e de outras características, análises de condições que possam ser utilizadas para o melhoramento da espécie, têm sido requisitadas. Alguns açúcares, como a sacarose, que conferem sabor adocicado aos tomates, também são moléculas sinalizadoras que podem regular a expressão gênica, pelo processo de repressão da tradução induzida por sacarose, em fatores de transcrição do tipo bZIP (basic leucine zipper). Os bZIPs estão associados a funções fundamentais na sinalização ambiental e de desenvolvimento, atuando na regulação metabólica central de carbono. Sabendo que modificações em regiões específicas dos bZIPs de classe S, podem alterar a regulação pós-transcricional, o uso de ferramentas de engenharia genética, para produzir uma
mutagênese direcionada tem sido utilizada como estratégia. Os objetivos deste trabalho incluem, a edição do gene SlbZIP1 em tomateiro cv micro-tom, utilizando a técnica CRISPR/Cas9 para a deleção de uma região uORF (upstream open reading frame) envolvida na regulação deste gene e apresentar uma rede de correlação de expressão de genes relacionados ao SlbZIP1, obtidos por meio de bibliotecas de RNA-seq. A transformação das plantas aconteceu via Agrobacterium tumefaciens e os eventos obtidos foram selecionados através da resistência ao agente seletivo, seno validadas por PCR. Para a caracterização molecular da edição gênica, os fragmentos foram amplificados e sequenciados. Como resultado, foi observado uma deleção de 42pb na uORF, compatível com a região alvo e com a proposta apresentada. Este resultado demonstra que a estratégia de edição gênica proposta neste estudo é efetiva e passível de ser utilizada. Quanto às análises in silico, foi realizada a prospecção em estudos já publicados, de dados de RNA-seq em tomateiro. Foram selecionadas 193 bibliotecas, classificadas em diferentes tecidos e submetidas a condições diversas. Os dados foram tratados, alinhados e a correlação de expressão entre os transcritos obtidos e o gene SlbZIP1, foi estabelecida através do teste de Spearman, com um coeficiente de correlação ρ≥ 0,8. Foram consideradas 85 sequências, de diversas funções onde se destacaram outros fatores de transcrição e proteínas quinases. Estes resultados, corroboram com demais estudos, que indicam que as proteínas quinases atuam sinergicamente com fatores específicos de transcrição e atuam em atividades importantes para a tolerância e resposta à diversas condições ambientais.