Protein-Protein Molecular Recognition in Plant Disease Modulated by Metastable State Frequencies: The AvrPtoB-Pto System
Estados metaestáveis, fitobactérias, Conformações, Dinâmica Enviezada
Os patógenos de planta secretam proteínas efetoras que interagem com os receptores imunitários do hospedeiro, muitas vezes explorando a plasticidade conformacional para evitar o reconhecimento. Compreender esses processos dinâmicos é crucial para conceber estratégias de resistência duradouras. O panorama conformacional da proteína efetora AvrPtoB em complexo com a quinase Pto do tomate foi investigado, combinando Dinâmica Molecular (DM), DM enviesada e docking proteína-proteína. O agrupamento das trajetórias da DM identificou três estados metaestáveis do AvrPtoB, que foram submetidos a docking com a Pto. O redocking do complexo cristalográfico serviu como referência. Entre os três metaestados, o metaestado 2 alcançou uma pontuação de docking superior, superando a referência cristalográfica, enquanto os metaestados 1 e 3 apresentaram energias menos favoráveis. Notavelmente, o metaestado 2 também foi o estado mais populoso (52,2% das conformações), reforçando a sua relevância biológica. É importante ressaltar que foi o único metaestado a conservar duas interações resíduo-resíduo desde o docking até a conformação de DM final, incluindo o contato Val201-Phe161 também observado no complexo cristalográfico. Em conjunto, estes resultados destacam o metaestado 2 como uma conformação biologicamente significativa, combinando favorabilidade energética, alta frequência populacional e conservação de interações interfaciais importantes. Esta abordagem integrativa demonstra o valor da análise do estado metaestável para revelar conformações ocultas que moldam o reconhecimento molecular, oferecendo perspectivas inovadoras para a engenharia de genes de resistência e o desenvolvimento de novas estratégias para a proteção de culturas.