A moderna infraestrutura é composta pelos Laboratórios de Bacteriologia, Diagnose, Controle Biológico e Controle de Enfermidades de Plantas, Epidemiologia e Manejo de Doenças de Plantas, Fisiologia do Parasitismo, Nematologia, Patologia de Sementes, Patologia Florestal, Sistemática e Ecologia de Fungos, Microscopia Eletrônica e Análise Ultraestrutural, Fitovirologia Molecular e Virologia Vegetal. Além de amplas casas de vegetação e campos experimentais, fazem parte das instalações ainda a Clínica Fitossanitária e o Centro de Indexação de Vírus da Batata do Estado de Minas Gerais. Os referidos laboratórios dão suporte aos projetos de pesquisa e extensão desenvolvidos pelos alunos e professores do Departamento. A equipe cumpre um papel importante na extensão e divulgação de conhecimentos através de análises de doenças em material vegetal enviado e testes de produtos com potencial de uso para a defesa fitossanitária.