Montagem do genoma cloroplastidial de Chamaecrista ensiformis e análise comparativa estrutural e filogenética em Cassiinae (Fabaceae)
Leguminosae, Filogenia, Genoma organelar
A diversidade plastidial da subtribo Cassiinae (Fabaceae), que inclui os gêneros Senna, Cassia e Chamaecrista, ainda é pouco explorada em nível genômico, limitando o entendimento sobre a evolução e as relações filogenéticas desse grupo altamente diverso. Embora estudos recentes tenham avançado na caracterização dos plastomas de Senna e Cassia, nenhuma espécie de Chamaecrista, gênero que conta com mais de 330 espécies descritas e possui grande importância ecológica, possuía até o momento um genoma cloroplastidial completo publicado. Essa lacuna restringe análises comparativas e dificulta a avaliação da monofilia da subtribo, frequentemente questionada em estudos filogenéticos baseados em marcadores limitados. Neste estudo, buscamos preencher parte dessa lacuna ao realizar a montagem, anotação e análise comparativa do genoma cloroplastidial de Chamaecrista ensiformis, com base em dados de sequenciamento de baixa cobertura, utilizando abordagens de montagem de novo e reanotação padronizada. O plastoma obtido possui 162.856 pb, estrutura quadripartida típica, conteúdo GC de 35,9% e 129 genes, incluindo dois pseudogenes. Análises comparativas com outras 13 espécies da Cassiinae revelaram estabilidade no conteúdo gênico, mas também variações estruturais, como contração das regiões IRs, expansão das regiões LSC e SSC e pseudogenização recorrente dos genes ycf1 e infA. A análise filogenética com base em 58 genes plastidiais codificadores, abrangendo 44 espécies representativas da subfamília Caesalpinioideae, posicionou C. ensiformis fora do clado formado por Senna e Cassia, sustentando a hipótese de não monofilia da subtribo Cassiinae. No entanto, essa inferência é limitada pela ausência de genomas plastidiais de outros gêneros da tribo Cassieae, bem como pelas restrições do cpDNA em refletir eventos como hibridização e evolução reticulada. Este trabalho fornece o primeiro genoma plastidial para Chamaecrista e representa um avanço no entendimento da diversidade e organização do plastoma dentro da subtribo, ao mesmo tempo em que reforça a necessidade de abordagens filogenômicas integrativas e maior número de genomas para reavaliar as relações evolutivas em Cassiinae.