Genome-wide identification, characterization, and development of microsatellite markers in Toona ciliata M. Roem.
SSRs; variabilidade genética; Cedro Australiano; multialelismo.
Os microssatélites (SSRs) são marcadores moleculares amplamente utilizados em estudos de diversidade genética, estrutura populacional e melhoramento de plantas, devido à sua natureza altamente polimórfica, codominante e reprodutível. Em Toona ciliata M. Roem., espécie florestal de elevado valor econômico, ainda há lacunas quanto à caracterização genômica abrangente desses marcadores. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar, caracterizar e desenvolver marcadores SSR a partir de dados genômicos disponíveis para a espécie. A identificação dos microssatélites foi realizada utilizando o software MISA, a partir de sequências genômicas disponíveis em banco de dados públicos. Foram identificados 51.369 SSRs, com predominância de mono (43%) e dinucleotídicos (48%), enquanto as demais classes corresponderam a apenas 9% do total. Observou-se forte predominância de motifs ricos em A/T, padrão comum em genomas de dicotiledôneas. A distribuição genômica revelou maior concentração de SSRs em regiões intergênicas (76,1%), seguida por íntrons (19,6%), regiões UTR (3,8%) e regiões codificantes (0,5%), indicando influência da pressão seletiva sobre a manutenção desses elementos. Para o desenvolvimento dos marcadores, foram selecionados SSRs di- e trinucleotídicos com pelo menos 30 e 25 repetições respectivamente, a partir dos quais foram desenhados 30 pares de primers utilizando o software Primer3. Destes, 26 apresentaram amplificação consistente em testes experimentais. A análise de polimorfismo indicou que 20 loci foram multialélicos, cinco bialélicos e um monomórfico, com número de alelos variando de 1 a 8 e média de 4,7 alelos por loco, para quatro indivíduos avaliados por marcador. Os loci mais informativos apresentaram elevado número de alelos e genótipos, demonstrando alto potencial discriminatório. De modo geral, os resultados evidenciam que os SSRs de T. ciliata seguem padrões típicos de genomas vegetais e que os marcadores desenvolvidos apresentam alto potencial para aplicações em estudos de diversidade genética, estrutura populacional, conservação e programas de melhoramento da espécie.