El Programa de Post graduación en Microbiología Agrícola suministra subsidios intelectuales para que los egresados actúen en instituciones públicas, privadas de enseñanza y/o investigación, en el desarrollo de procesos, productos, control de calidad y desarrollo tecnológico con base en  Microbiología Aplicada a la Agroindustria;  Microbiología ambiental e industrial; Microbiología del Suelo; Microbiología de Alimentos; Fisiología de Microorganismos; Genética de Microorganismos especialmente en técnicas moleculares y bioinformática. El PPGMA abre proceso selectivo semestralmente. Los alumnos ingresantes pueden recibir beca de estudios de las principales agencias de fomento como CAPES, CNPq y FAPEMIG. Por ser nota 6 en la evaluación CAPES el PPGMA tiene aporte financiero anual de la CAPES vía PROEX. Los proyectos de investigación son mantenidos por recursos de propuestas aprobados en pliegos públicos o de empresas privadas.  El PPGMA cuenta con tres líneas de investigación: 1 - Ecología, genética y fisiología de microorganismos Fisiología y genética de microorganismos de ambientes agrícolas y naturales; caracterización y monitoreo de poblaciones y comunidades microbianas; estudio de sus relaciones funcionales en diversos ambientes, como suelo, agua, plantas, alimentos, animales y residuos agroindustriales, incluyendo la aplicación de técnicas bioquímicas, proteómica y moleculares, incluyendo metagenómica.  2 - Biotecnología de microorganismos aplicada a la agropecuaria y al medio ambiente Procesos y desarrollo de tecnologías microbianas para recuperación de ecosistemas, mejora de procesos biológicos naturales con incremento de la producción animal y vegetal y consolidación de la sustentabilidad del agronegocio. Microorganismos promotores de crecimiento y con potencial de control biológico. Conocimiento y desarrollo de procesos fermentativos espontáneos utilizados en la elaboración de diversos alimentos y bebidas, para Alimentación animal y desarrollo de métodos de diagnóstico y productos para la mejora de la salud animal, objetivando la mejora de productos e incremento de la agroindustria sustentable.  3 - Calidad y seguridad microbiológica de alimentos Evaluación de puntos críticos de control en todas las etapas de la producción y en el procesamiento de alimentos y caracterización de microbiota terroir. Análisis de la dinámica de las poblaciones microbianas presentes en alimentos y evaluación de riesgos para el medio ambiente y para la salud humana y salud pública.