Banca de QUALIFICAÇÃO: KARINE DAENQUELE SILVA PINTO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: KARINE DAENQUELE SILVA PINTO
DATA: 24/03/2023
HORA: 09:00
LOCAL: google meet
TÍTULO:

ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA (GWAS) APLICADA A CARACTERÍSTICAS DE QUALIDADE DE CARCAÇA EM BOVINOS DA RAÇA ANGUS

PALAVRAS-CHAVES:

Análise funcional, Bos taurus, genes candidatos, QTL, SNP.

PÁGINAS: 21
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:

A raça Angus tem se destacado no mercado, apresentando cortes cárneos com acabamento padronizado e alto índice de marmoreio. Porém pouco se sabe sobre regiões genômicas (QTLs) e genes envolvidos nestas características em animais puros da raça criados no Brasil, uma vez que a inclusão de informações genômicas favorecem as tomadas de decisão na seleção de animais mais eficientes. O objetivo do trabalho será identificar marcadores moleculares do tipo Polimorfismo de Nucleotídeo Único (SNP), QTLs e genes relacionados à área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, espessura de gordura na garupa e marmoreio. Serão utilizados dados genotípicos de 1253 animais em painéis de baixa, moderada ou alta densidade (50, 100 e 150K SNPs) que serão imputadas para o chip de alta densidade e dados fenotípicos avaliados por ultrassonografia de carcaça de 529 animais com a idade média de 529 dias, para estas características. Os grupos de contemporâneos (GC) serão formados a partir do ano de nascimento, prova de desempenho, grupo (diferença máxima de 90 dias de idade) e sexo. Os GC com menos de três observações e observações que variarem ± 3 desvios-padrão da média desse grupo serão eliminados. O modelo a ser utilizado para as estimativas dos componentes de variância e análises genômicas irá incluir o efeito aleatório genético aditivo direto, efeito fixo do GC e idade como covariável, que serão estimados utilizando programas da família BLUPF90 e através do método ssGBLUP (WANG et al., 2012), respectivamente. Para calcular os efeitos e peso dos SNPs, será seguido o método proposto por Wang et al (2014). Utilizando um processo iterativo, repetindo entre três e quatro vezes nessas análises, para aumentar o peso dos SNPs com maiores efeitos e diminuir o peso dos marcadores de menores efeitos. Dessa maneira, os resultados de GWAS serão representados como a proporção de variância explicada por uma janela genômica de dez SNPs adjacentes. As janelas que explicarem mais de 1% da variância genética total serão consideradas como relevantes, isto significa que estarão associadas à característica em questão. A partir disso, serão identificados possíveis QTLs e genes candidatos utilizando informações do genoma bovino ARS-UCD1.2, e também será realizada a classificação de genes quanto a função biológica, identificação de vias metabólicas e enriquecimento gênico.

MEMBROS DA BANCA:
Externo ao Programa - RENATO RIBEIRO DE LIMA - DES/ICET (Membro)
Externo à Instituição - NEDENIA BONVINO STAFUZZA - APTA (Membro)
Presidente - ERICK DARLISSON BATISTA (Membro)
Externo à Instituição - ALESSANDRA ALVES SILVA - UFV (Suplente)