O Programa Acadêmico de Pós-Graduação em Engenharia dos Alimentos, curso de Mestrado, está localizado no Departamento de Ciência dos Alimentos (DCA), que conta com estrutura física própria, que dispõe de secretaria, sala da Chefia, 33 gabinetes de trabalho de professores (individuais), laboratórios de ensino, salas de atendimento discente, salas de reunião e auditório. O Departamento de Ciência dos Alimentos (DCA) da Universidade Federal de Lavras (UFLA) possui instalações modernas e estruturadas. Atualmente, possui quatro alas completas de prédios em funcionamento, com os seguintes laboratórios: Química e Análise de Alimentos, Microbiologia de Alimentos, Pós-colheita de frutas e hortaliças, Análise sensorial I e II, Secagem e Engenharia de Alimentos, Grãos Raízes e Tubérculos, Padaria Experimental, Qualidade do Café, Análise de carnes e derivados, Bioquímica e Bioengenharia, Refrigeração de alimentos, Operações unitárias, Informática, Análises avançadas, Desenvolvimento de novos produtos, Simulação de processos, Gestão, garantia e controle de qualidade, Óleos e gorduras, Embalagens e microencapsulação, Laboratório de laticínios e laboratório de informática com 16 microcomputadores. Além disso, possui 5 plantas piloto equipadas: Processamento de Vegetais, Processamento mínimo de vegetais, Laticínios, Processamento de carnes, Processamento de pescados, totalizando uma área física de 2865 m2. Além dos laboratórios do DCA, os alunos poderão utilizar laboratórios do Departamento de Engenharia, como o Laboratório de Catálise e Biocombustíveis. Adicionalmente à estrutura departamental, a UFLA tem investido na estruturação dos Laboratórios Centrais Multiusuário, com tecnologia de ponta e com equipamentos de grande porte permitindo o uso compartilhado por diferentes equipes de pesquisa. O programa terá à disposição laboratórios multiusuários institucionais tais como Laboratório Central de Análise e Prospecção Química e Laboratório de Microscopia Eletrônica e Análise Ultraestrutural. Além disso, o programa conta com a interação com os demais laboratórios especializados da Universidade e de outras instituições de pesquisa e ensino.