Vinculado ao Departamento de Biologia, o setor de Microbiologia Agrícola possui infra-estrutura própria de laboratórios. Os laboratórios atendem às pesquisas de discentes do PPGMA e de outros programas de pós-graduação bem como de discentes de graduação para realização de TCC ou estágios obrigatórios e IC. Recentemente foi inaugurada a ampliação do prédio onde se encontram a secretaria do PPGMA, os gabinetes dos professores, a secretaria da Coleção de Culturas da Microbiologia Agrícola (CCMA), sala de esterilização e novos laboratórios. Além disto, o setor possui outras instalações onde funcionam laboratórios equipados com equipamentos modernos como, por exemplo, Cromatógrafo líquido de alta eficiência (HPLC) com 03 detectores, Cromatógrafo gasoso com FID, Cromatógrafo gasoso com espectrometria de massas, MaldiTof ICMS, DGGE, Sequenciador Ion Torrent, Termociclador, Equipamento Agilent Bioanlyser, PFGE entre outros. Os discentes podem realizar também suas pesquisas nos laboratórios sediados nos Departamentos de Biologia, Ciência dos Alimentos, Fitopatologia, Agricultura, EMBRAPA/RJ. Alguns estão listados abaixo: 1- Laboratório de fisiologia e genética de microrganismos 2- Laboratório de análises de metabólitos microbianos 3- Laboratório de microbiologia das fermentações 4- Laboratório de cogumelos comestíveis 5- Laboratório de genética de fungos 6- Laboratório de genética molecular 7- Laboratório de biologia molecular 8- Laboratório de microbiologia de alimentos 9- Laboratório de microscopia eletrônica e análise ultra-estrutural 10- Laboratório de micotoxinas e micologia de alimentos 11- Laboratório de cultura de tecidos 12- Laboratório de gramíneas 13- Laboratório de leguminosas 14- Laboratório multiusuário de biologia molecular 15- Laboratório de microbiologia ambiental e industrial