Banca de QUALIFICAÇÃO: CARLOS GODINHO DE ABREU

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: CARLOS GODINHO DE ABREU
DATA: 26/04/2022
HORA: 09:00
LOCAL: remoto
TÍTULO:

Sequência completa de alta qualidade do genoma do cogumelo comestível e medicinal Agaricus subrufescens

PALAVRAS-CHAVES:

Agaricus subrufescens, basidiomicetos, sequenciamento de DNA, genoma completo

PÁGINAS: 62
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Agronomia
RESUMO:

Agaricus subrufescens é um cogumelo nativo do Brasil e apresenta considerável valor nutritivo e medicinal. Seu tempo de vida útil é curto (ponto emergente da espécie, pois os cogumelos escurecem rapidamente e produtores têm perdas enormes pós-colheita se se os cogumelos não forem desidratados rapidamente) e o apelo por seus benefícios medicinais já foram muito explorados. Isso o torna bastante restrito a mercados de cápsulas com preços elevados. Desta forma, a mudança deste quadro está no aumento da potencialidade de consumo desse cogumelo in-natura como alimento, e por esta razão destaca-se a importância de ter seu genoma sequenciado e estudado. Recentemente diversos estudos relataram montagens completas de alta qualidade e bem sucedidas de genomas de fungos basidiomicetos produtores de cogumelos O sequenciamento do genoma de A. subrufescens ABL49 foi executado utilizando estratégia de montagem híbrida, combinando-se leituras curtas obtidas por Illumina (short-reads) e leituras de maior comprimento obtidas pela tecnologia GridION (long-reads). A sequência do genoma de A. subrufescens linhagem ABL 49 foi montada com sucesso utilizando softwares, bibliotecas e ferramentas de bioinformática. O draft do genoma resultou em um total de 3.762 (97,2%) genes BUSCO completos e um tamanho total de 40.2 Mb com conteúdo GC de 47,24 %. A anotação do genoma identificou 14.061 genes codificadores de proteínas no em A.subrufescens ABL 49. Um total de 62,5% do genoma está coberto por genes e 48,6% está coberto por CDS. A anotação de sequências de aminoácidos previstas dos genes de A.subrufescens revelou um total 634 CAZymes no genoma de A.subrufescens tornando este fungo um dos basidiomicetos mais ricos em CAZymes examinados até agora. Foram identificados também no genoma de A. subrufescens 12 cromossomos quando comparado com cromossomos da espécie de A. bisporus KMC00540. A. subrufescens apresenta um clado separado das linhagens de A. bisporus mas está filogeneticamente relacionado com as linhagens dessa espécie por ser da família Agaricaceae. Anotações funcionais de genes GO foram feitas os genes foram distribuídos em três categorias funcionais: função molecular (62.29%), seguido de processo biológico (29,39%) e função molecular (8,32%). Cerca de 3.228 genes obtiveram correspondências no banco de dados KEGG e foram atribuídos em 4 níveis, incluindo 22 vias KEGG. Observou-se que 22,89% do genoma montado correspondia aos elementos transponíveis de A. subrufescens ABL 49, com um comprimento total de 9.178.071 pb. O mitogenoma foi completamente montado resultando em um tamanho total de 131.367 kbp com 19 genes. Este estudo apresenta o primeiro rascunho de montagem de genoma de uma espécie de Cogumelo do Sol, fornecendo um valioso recurso de sequência para estudos genômicos e evolutivos sobre a espécie.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - EUSTAQUIO SOUZA DIAS (Membro)
Interno - VICTOR SATLER PYLRO (Membro)
Externo à Instituição - GILVAN FERREIRA DA SILVA - EMBRAPA (Membro)
Externo à Instituição - DIEGO CUNHA ZIED - UNESP (Suplente)
Externo à Instituição - ALESSANDRO DE MELLO VARANI - UNESP (Membro)