Banca de DEFESA: CARLOS GODINHO DE ABREU

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: CARLOS GODINHO DE ABREU
DATA: 25/10/2023
HORA: 08:00
LOCAL: Modalidade online
TÍTULO:

DECODIFICANDO O GENOMA DE Agaricus subrufescens RICO EM NUTRIENTES EM ESCALA CROMOSSÔMICA: UM RECURSO PARA A BIOLOGIA E BIOTECNOLOGIA FÚNGICA.

PALAVRAS-CHAVES:

Agaricus subrufescens, basidiomicetos, sequenciamento híbrido de DNA, genoma completo.

PÁGINAS: 100
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Agronomia
RESUMO:

Agaricus subrufescens é um cogumelo nativo do Brasil, que apresenta considerável valor nutritivo e medicinal. Seu tempo de vida útil é curto, pois os cogumelos escurecem rapidamente (processo conhecido como browning),
gerando perdas pós-colheita caso não forem desidratados rapidamente, tornando-o bastante restrito a mercados de consumo em forma de cápsulas, que apresentam preços elevados. Desta forma, a mudança deste quadro está no aumento da potencialidade de consumo desse cogumelo in-natura como alimento, e por esta razão destaca-se a importância de ter seu genoma sequenciado e estudado, com a finalidade de revelar possíveis novas alternativas a serem empregadas em seu cultivo, a fim de se evitar ou retardar o processo de browning. O sequenciamento do genoma de A. subrufescens ABL49 foi executado utilizando estratégia híbrida, combinando-se leituras curtas obtidas por Illumina (short-reads) e leituras maiores obtidas pela tecnologia GridION (long-reads). O genoma de A. subrufescens linhagem ABL 49 contém 13 cromossomos e mais 31 unplaced scaffolds, totalizando 44,5Mb, apresentando completude BUSCO de (96,5%), conteúdo GC de 47,24 % e 1.48% de heterozigosidade. Um total de 14.332 genes codificadores de proteínas foram identificados, sendo que 64.6% (27.875.936 bp) do genoma está coberto por genes e 23,41% corresponde a elementos transponíveis, representando um total de 9.793.453 pb. O mitogenoma foi completamente montado e circularizado, resultando em 131.367 kbp e codificando 14 genes. A anotação foi melhorada utilizando dados públicos de RNAseq provenientes da linhagem JSR3 de Agaricus subrufescens provenientes de diferentes estágios de desenvolvimento (micélio, corpo de frutificação e primórdio) disponíveis no GenBank. Um total de 4 PPOs foram identificadas em A. subrufescens ABL49 e se encontram distribuídas principalmente no cromossomo VII (3 cópias) e no cromossomo IX (1 cópia). O locus Mating-type (MAT) foi elucidado e se encontra localizado no cromossomo 1 mostrando os genes mip e β-fg os quais flanqueiam os fatores de transcrição do homeodomínio (HD) envolvidos no acasalamento. As análises filogenômicas colocaram corretamente A.
subrufescens situado no clado de Agaricomicetos. Todos os resultados obtidos, foram resumidos e disponibilizados através de Genome Browser disponibilizados no link(https://plantgenomics.ncc.unesp.br/other_genomes/Agaricus_subrufescens_ABL49/index.html#) sendo ferramenta útil para apoiar outros estudos genômicos em fungos. Este estudo apresenta o primeiro rascunho do genoma da espécie de Cogumelo do Sol Agaricus subrufescens linhagem ABL 04/49, fornecendo um valioso recurso genômico que poderá ser empregado para o melhoramento desta importante espécie.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - ALESSANDRO DE MELLO VARANI - UNESP (Membro)
Interno - CRISTINA FERREIRA SILVA (Suplente)
Externo à Instituição - DIEGO CUNHA ZIED - UNESP (Suplente)
Externo à Instituição - Daniel Kumazawa Morais - CAS (Membro)
Presidente - EUSTAQUIO SOUZA DIAS (Membro)
Externo à Instituição - GILVAN FERREIRA DA SILVA - EMBRAPA (Membro)
Externo à Instituição - SAURA RODRIGUES SILVA - UNESP (Membro)